Istorija manastira Lepavine neodvojivo je povezana sa istorijom Srba u Srpskoj krajini.
Od vremena njene obnove vodila se teška borba protiv unijačenja i pokatoličenja, a to je ujedno značilo i protiv pokmečivanja Srba Krajišnika. U odbrani svoje vere i narodnih privilegija ( Statuta Valahorum ) lepavinski kaluđeri su bili uz narod, boreći se i stradajući sa njim.
Za istoriju manastira Lepavine neraskidivo je vezana čudotvorna ikona Presvete Bogorodice Lepavinske. Nastanak ove ikone datira s početka 16. veka i delo je nepoznatog autora. Ikoni se s razlogom pripisuju čudotvorne isceliteljske moći.
Nastanak ove ikone datira s početka 16. veka i delo je nepoznatog autora, a po stilu pripada italo-kritskoj školi. O tome gde je oslikana i kako je dospela u manastir Lepavinu, nema podataka. Ono što je poznato su dešavanja oko ikone, koja potiču iz vremena II svetskog rata, kada je 1943. godine, u nemačkom bombardovanju, gotovo potpuno uništen manastir Lepavina. Teško su oštećeni, toranj i sama crkva, na koju su pale dve avionske granate. Tom prilikom, uništen je skoro kompletan ikonostas sa ikonama. Ikona Presvete Bogorodice Lepavinske je čudom Božijim ostala neoštećena - našli su je zatrpanu pod debelim naslagama maltera i cigle neoštećenu bez i jedne ogebotine, iako je jedna od granata pala na mesto gde de ona nalazila.
Zbog teškog oštećenja hrama, ikona je prenesena sa ostalom zaostavštinom manastira u skladište Pravoslavnog muzeja Mitropolije u Zagreb. Po milosti Božijoj, 1967. godine je ikonu na tavanu muzeja pronašao otac Simeon Sakulj, u to vreme nastojatelj manastira Lepavine, i ona je po blagoslovu Mitropolita Damaskina, na Veliku Gospojinu 1969. godine, vraćena u manastir. Upravo je tog dana, na taj veliki Bogorodični praznik, prvi put služena Sveta Liturgija u obnovljenom hramu, i tom prilikom je Carica Nebeska na najlepši i najradosniji način projavila Svoje prisustvo među vernim narodom koji je došao da se pokloni Njenom prečistom liku. O velikom čudu koje se tada dogodilo svedoči otac Simeon: „Plan je bio da ikonu i Mitropolita Damaskina, koji je iz Zagreba trebao doći oko 9:30 sačeka litija na raskrsnici kod krsta. Litija je čekala, ali se desio saobraćajni zastoj, zbog čega je Mitropolit sa ikonom i pratnjom kasnio. Liturgija je počela. Mnogo naroda je bilo prisutno. Kada je Mitropolit oko 11 časova stigao, izašli su iz auta pre ulaska u manastir, da bi ikona svečano bila unešena u hram. Izneli su je iz auta i spustili u trnje ispod bagrema, čekajući litiju iz crkve. I onda su tri jeromonaha, u litiji, došli po ikonu i svečano je dopratili do hrama i postavili na mesto na kome se nalazi i danas. Na Liturgiji je jedno dete za vreme nafore ležalo na amvonu. Bio je to dečak oko šest godina, spavao je.. Ja sam posle otišao u konak, a kad je završila molitva, moja je snaha prva izašla iz crkve, došla sva u plaču i kazala: 'Šta sam doživela, dete je gluvonemo rođeno, a progovorilo je posle molitve!' Jeromonah koji je čitao molitve, u jednom je trenutku položio omofor od vladike na dete. I posle, kada je čitanje bilo završeno, dečak je ustao, uhvatio majku za suknju i izgovorio: 'Mama, mama'. U crkvi su svi plakali.. Posle sam rekao Mitropolitu da se osim ovog čuda desilo još jedno. Jer, po letopisu je stari manastir građen gore na brdu, ali su ikonu Vavedenja svakog jutra nalazili u trnju, na mestu na kojem je današnji manastir. Kazao sam: 'Mi smo ikonu iz trnja uzeli i vratili je u crkvu. Ponovila se istorija.'" Za ikonu je izrađen prelepi tron, zadužbina Mije Cvetkovića, duboresca iz Beograda.
Za iscelenja pred čudotvornom ikonom Presvete Bogorodice Lepavinske vezani su mnogi čudesni događaji, brojna svedočanstva i izvorni zapisi. U manastirskom letopisu zapisano je sledeće:
Godina 1773. Neki čovek iz Marinkovaca, Ivanićka krajina, dovede u manastir Lepavinu sina svoga, koji je bilovao i patio da je i razum izgubio; bio je vezan i čuvan, no blagodaću Božijom isceljen je pred ikonom Presvete Bogorodice Lepavinske.
