Krupajsko vrelo, je izvor Krupajske reke a nalazi se između sela Milanovac i Krupaja u podnožju planine Beljanice. Krupajsko vrelo spada u grupu kraških vrela. Temperatura vode na izvoru se kreće od 9-11°C. Prvobitno izgled vrela je promenjen izgradnjom betonske brane, koja je formirala jezero dužine 40 i širine 17 metara.

Brana je izgrađena za potrebe mlina, koji i danas radi. Pre izgranje ove brane, voda je isticala iz pećine, velikom snagom, praćena hukom vode. Danas se vidi samo deo otvora pećine, a prvobitni izvor je potopljen. U neposrednoj blizini vrela nalazi se jak termalni izvor sa temperaturom vode od 26.5°C. Oba izvora su zaštićeni kao spomenici prirode od nacionalnog značaja u površini od 9 hektara. Istraživanjem ovog vrela do sada se došlo do dubine od 123 metara. Kao i sva kraška vrela, i Krupajsko vrelo se odlikuje velikim promenama u količini vode koju daje tokom jedne godine. Kod zgrade mlina, nalazi se betonska česma sa pet metalnih cevi, na kojima ističe topla voda iz termalnog izvora koji je kaptiran.

Potok vrela, dužine 435 metara, prvo otiče prema severu, a zatim skreće prema zapadu i uliva se u Krupajsku reku. Teče sve od brane do mlina. Kod zgrade mlina, nalazi se betonska česma sa pet metalnih cevi na kojima ističe topla voda temperature 26˙C. Ova voda potiče iz prirodnog termalnog izvora koji je kaptiran i podzemno sproveden do česme. Desetak metara od česme je drugi termalni izvor u obliku minijaturnog vodoskoka koji je nastao na samoizlivnoj geološkoj bušotini.